超高速USB和PCI-Express的信令方案存在很大的差別。超高速USB不使用公共時鐘架構。它在兩個邊帶上都需要擴展頻譜，還需 要接收端提供均衡功能。時間抖動的處理也采用了不同的方式。同時，這種方案也沒有提供邊帶引腳用來進行連接/斷開檢測，鏈路 重置，電源管理控制或喚醒。
傳輸速度的增加給現有的USB 2.0電纜帶來了挑戰。超高速USB需要屏蔽差分對（SDP）電纜來確保信號完整性并最小化電磁干擾 。同時，電纜的最大長度也從USB 2.0的5m減少到超高速USB的3m。物理層的電子信令方案也從簡單的雙線制轉變為一種雙單工（dual-simplex）數據通路。這是通過完全分離的連接實現的，而不再 是現有USB 2.0中的雙線接口。這樣做的目的是能夠在3m電纜上實現5Gb/s的傳輸速率。此外，雖然需要為滿足電子信令方案而做出 更改，但主機卻不用提供新的波形因數插頭或插座；如果可能，在外圍設備上也無須做出更改。
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